Filippo Inzaghi, futbol kariyerine ilk olarak 1982 yılında San Nicolo takımında başladı. 3 sene burada kendini geliştirdikten sonra 1985 yılında doğduğu kentin takımının alt yapısına geçti ve 1991 yılında as takıma çağrıldı. Takımı katıldıktan bir sene sonra Leffe ve Verona takımlarında kendisini geliştirmesi için kiralık oynatıldı. 1995 yılında ligin köklü ekiplerinden Parma’ya transfer oldu. Bir sezon oynadığı takımda istenileni veremedi gerekçesiyle transfer listesine konuldu ve 1996 yılında Atalanta, oradan da bir sene sonra Juventus’a transfer oldu. 4 sezon forma giydiği Juventus’ta 120 maça çıkıp 57 gol attı. Burada gösterdiği performans ile ligin bir başka güçlü takımı Milan’a transfer oldu. 11 sene forma giydiği takımda 202 maça çıkıp 73 gol attı ve bu süre içerisinde takım kaptanlığına da getirilerek efsaneler arasında yer aldı. Milan’da forma giydiği dönemde 2 Şampiyonlar Ligişampiyonluğu, 2 UEFA Süper Kupası ve 2 kez de İtalya Seri A şampiyonluğunu yaşadı. Bu başarıların kazanılmasında takıma en büyük katkıyı sağlayan oyuncuların arasında yer aldı.2012 yılında ise aktif futbol kariyerine son verdi.

Filippo Inzaghi, 1993 yılında ilk kez milli takıma davet edildi ve İtalya U-21 formasını giydi. 3 sene burada mücadele ettikten sora 1997 yılında İtalya Milli Takımı’na çağrıldı. 2007 yılına kadar İtalya Milli Takımı ile birçok büyük turnuvaya katıldı ve toplamda 57 maça çıkıp 25 kez fileleri havalandırdı.

Filippo Inzaghi, futbolculuk kariyerine veda ettikten bir sene sonra Milan’ın genç takımlarından biri olan Milan Primavera takımının başına getirildi. Bir sene burada tecrübe kazandı ve 2014 yılında Milan’da boşalan teknik direktörlük koltuğuna getirildi. Seri A’da Milan ile çıktığı ilk maçı Lazio oldu ve maçtan mağlubiyet ile ayrıldı. Sezon boyunca istenilen başarıyı elde edemeyen Filippo Inzaghi, 2015 Haziran ayında görevinden istifa etti.